La segunda temporada de "Bones" se estrenó el 16 de septiembre de 2006 y constó de 21 episodios. En esta temporada, el equipo del FBI y los antropólogos forenses de la Institución Smithsonian trabajan en casos cada vez más complejos, incluyendo un asesino en serie que se hace llamar "El Gigante". Mientras tanto, la relación entre Brennan y Booth se profundiza.