El juego se desarrolla en la década de 1930 en el estudio de animación Bendy and the Ink Machine, donde el protagonista, Henry Stein, trabaja como animador. Un día, mientras explora el estudio abandonado, Henry descubre que el lugar ha sido tomado por una misteriosa sustancia llamada " tinta" que ha cobrado vida propia. La tinta ha comenzado a transformar a los personajes de dibujos animados en criaturas grotescas y asesinas.